Eigentlich sollte der Code dadurch nicht ungültig werden, das hier z.B.:
if ( true && false ) {
wäre innerhalb eines Script-Block in XHTML völlig korrekt (bei HTML 4.01 nicht, siehe hier). Sieht zwar unschön aus, sollte aber funktionieren. Dasselbe gilt für URLs (z.B. im IFrame-src-Attribut), da ist ein maskiertes & natürlich ebenfalls völlig korrektes HTML.
Lösungen für JavaScript gibts wohl, und auch für IFrames gibts nötigenfalls Plugins. Aber empfehlen kann ich dir da nichts, ich gehe in solchen Fällen eigentlich immer den Weg über Shortcodes oder ähnliches statt Scripts etc. direkt in den Artikel zu packen. Das hat IMHO nichts darin zu suchen. ;-)