Eigentlich ganz simpel: du klickst den Link an und die Einträge in der ".htaccess" werden wirksam: alles, was nicht als Datei oder Ordner existiert, wird an die "index.php" gereicht. Die (bzw. die tatsächlich zuständige PHP-Datei/Funktion/Klasse) dürfte feststellen, dass es den Beitrag mit der Adresse nicht gibt und in der "wp_postmeta" gucken, ob ein passender Eintrag existiert. Den gibt es, also ruft sich die "index.php" mit der korrekten Adresse neu auf, oder es erfolgt intern eine Auswertung/Weiterleitung auf den Beitrag.
Ich vermute nur, aber die Vermutung macht Sinn, denn wenn du den Eintrag in der "wp_postmeta" löscht, dann produziert der Aufruf des alten Links folgerichtig einen 404-Fehler.
btw, ich persönlich nutze für bloginterne Verlinkungen ein Plugin, dem ich die ID des Beitrags übergebe. So spielen weder Domain (.de, .com, .org, ...), noch Permalinks oder Postslugs eine Rolle. Der Beitrag wird in jedem Fall gefunden.