ehrlich ..... der error 404 ist kein *Fehler* in dem SInne, Google macht nur aufmerksam , dass er da ist und das ist auch oft gut,
doch oft lass ich Google da meckern- spätestens nach einigen Wochen hat sichs ausgemeckert und Google kapierte auch ohne htaccess etc, dass es die Seite nicht mehr gibt,
zb du machst ein Update und bist nett und informierst Deine Besucher über das update, dann kannst du eine index.html nehmen und WP im Hintergrund updaten..
der Apache ist zu 100% darauf getrimmt zuerst eine index.html zu suchen, gibt es die nicht sucht er eine index.php
verbiet ihm das nicht und baue eine nette error 404 für die Leute, die über die index.html zu Dir kommen und lass das Webmastertool da meckern
lg