Link zur Seite wo der Shortcode [FONT=Courier New][Timer][/FONT] verwendet wird?
Und findet das Plugin denn [FONT=Courier New]timer.php[/FONT]? Binde den Code mal ohne [FONT=Courier New]include(...)[/FONT] direkt in die Plugin Datei ein, um da Fehler auszuschliessen.
Weiterhin wird Dein JavaScript Code während des Aufbaus des DOM ausgegeben und direkt geführt, das sollte eigentlich erst bei [FONT=Courier New]$(document).ready()[/FONT] o.ä. sein. So kann es sein, dass Elemente noch nicht bekannt sind.
[size=12]PS. Nutze hier im Forum das kleine [+] Symbol und "Code" damit die Formatierung Deines Codes erhalten bleibt.[/SIZE]