Nein, ich hätte da zumindest keine Idee. Habe mir eine Liste mit den Dateien angelegt, in denen ich Änderungen vornahm, in dieser Liste sind bisher 11 Core-Dateien enthalten und bei einem Update bleibt dann nur der Weg, diese Änderungen wieder manuell zu übernehmen.
Eigentlich halte ich das nicht für den richtigen Weg, da ein Update dadurch in Arbeit ausartet. Doch eine Änderung in einer Core-Datei betrifft selten mehr als eine Zeile und wenn ich mir im Vergleich dazu den Umweg über Plugins betrachtete, da war irgendwie noch kein aufgeblähtes Plugin dabei, welches nicht aus einer Vielzahl zusätzlicher Dateien bestand.
Einzelne Dateien lassen sich zwar umbenennen, nur dann müsstest Du genau wissen, welche Dateien auf diese Datei zugreifen, und auch in diesen Dateien die Include-Pfade wieder anpassen, wodurch die nach einem Update erforderlichen erneuten Anpassungen nicht weniger würden.