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[COLOR=#333333]Bei einem Managed Server habe ich das nicht so, da habe ich nur ein Hauptverzeichnis[/COLOR]
Du hast bei jedem Betriebssystem und Server grundsätzlich nur ein "Hauptverzeichnis". Der Grund für Unterordner pro Domain ist ja eben die Übersichtlichkeit. Daher befinden sich die Document-Roots in der Regel unter /opt/www/... oder auch /var/www/... o. ä. in separaten Unterordnern.
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[COLOR=#333333][FONT=Verdana]Mustermann 01[/FONT][/COLOR]
[COLOR=#333333][FONT=Verdana]Mustermann 02[/FONT][/COLOR]
[COLOR=#333333][FONT=Verdana]Mustermann 03[/FONT][/COLOR]
[COLOR=#333333][FONT=Verdana]Und dann macht man im KIS doch eine "Umleitung" auf den jeweiligen Ordner wo dann die Domain Mustermann 02 drinne liegt (Worpdress installation).[/FONT][/COLOR]
Ich glaube, das versteht keiner 
Zu Deinen Screenshots: Der zweite zeigt genau, wie man es nicht machen sollte. Jeder Webauftritt sollte natürlich in einem separaten Unterordner liegen und nicht der eine als Unterordner von einem anderen.
Bei mir habe ich das so gelöst:
/
/domains
/domains/ich-bin-heimwerker.de
/domains/ich-bin-heimwerker.de/subdomains/
/domains/ich-bin-heimwerker.de/subdomains/www
/domains/ich-bin-heimwerker.de/subdomains/www/htdocs
/domains/ich-bin-heimwerker.de/subdomains/test
/domains/ich-bin-heimwerker.de/subdomains/...
/domains/marczahn.de
/domains/...
Die Domain http://www.ich-bin-heimwerker.de ist also auf diesen Ordner geschaltet:
/domains/ich-bin-heimwerker.de/subdomains/www/htdocs
Auf diese Art und Weise können sich die Webauftritte gegenseitig nicht in die Quere kommen.