Hi,
Die Meta Angabe der Site Verifizierung kommt, wie du schon vorher hattest in den Head Bereich der header.php und nicht in die style.css.
Das worauf du wohl hinaus willst ist das Anlegen und aktivieren eines Child-Theme.
Dort kannst du dann eine Kopie der header.php des Themes reinpacken und dann die Metaangabe entsprechend einfügen.
Child-Themes sind von Updates des Parent-Themes ausgenommen. Das heißt, wenn das Elterntheme ein Update erfährt, bleibt die im Child-Theme gemachte Änderung trotzdem erhalten.
Ein Child ist schnell erstellt und gar nicht so schwer anzulegen, wie es sich zuerst anhört.
https://codex.wordpress.org/Child_Themes
Von Vorteil ist hier natürlich ein Grundwissen was PHP angeht, dann fällt es um so leichter. ;)