Mojn,
also von deiner Beschreibung her würde ich mal vermuten, dass die ganze Sache bei dir in den Domain Einstellungen und FTP Strukturen so aussieht;
deine-seite.com verweist auf dein FTP Root Verzeichniss, in diesem ein Ordner tommy existent ist.
tommy.deine-seite.com verlinkt als Subdomain korrekterweise auf das Verzeichniss tommy, ist allerdings auch über die Hauptdomain durch direkten Aufruf des Verzeichniss tommy erreichbar.
Du müsstest eigentlich nur hingehen in deinem FTP Root einen weiteren Ordner erstellen und die Hauptdomain auf diesen Ordner leiten, dann kann man den Ordner tommy nur noch über Subdomain erreichen, da ja ein Ordner Tommy im Verzeichniss auf das die Hauptdomain verweist nicht mehr existieren würde. ;)
Dem FTP Progamm wäre das dann ziemlich egal, da du dich ja über deine vom Provider erhaltenen Kundendaten einloggst, aber der Browser kann nur mit dem Arbeiten, was die jeweilige Domain dann zulässt, bzw. das Verlinkte Verzeichniss enthält.
Ich hoffe, das war jetzt nicht zu kompliziert erklärt. :)