Hi gericoach,
Ich habe das Plugin mal ausprobiert und meines Empfinden nach funktioniert es so, wie vom Author auch beschrieben.
Zum Test hatte ich die header.php vom 2012 Parent Theme mit ein paar echo Texten versehen und dann mittels Plugin davon ein Child Theme erstellen lassen.
Die Änderungen in der header.php wurden anstandslos übernommen.
Ich habe dann mal das Plugin genauer angeschaut und die Stelle ermittelt, in der dem Plugin mitgeteilt wird, welche Dateien in den Child Ordner zu kopieren sind.
In der Datei orbisius-child-theme-creator.php ab Zeile 11344 ist folgender Eintrag;
/**
* What files do we have to copy from the parent theme.
* @var array
*/
private $main_files = array('screenshot.png', 'header.php', 'footer.php', );
Wenn also zusätzliche Files mit Hardcode Änderungen ins Child Theme sollen, müsstest du die Liste von Hand entsprechend erweitern. Wäre natürlich fein, wenn der Plugin Author sein Plugin dahingehend erweitern würde, dass man eine Auswahlliste im Backend erhält, in der man bestimmen kann welche Dateien noch zusätzlich zu den Standards hineinkopiert werden könnten, dann würde eine von Hand gemachte Erweiterung der Liste bei einem Plugin Update nicht ins Nirvana abwandern. ;)
Ich hoffe das hilft dir so ansatzweise weiter.