Um welche Seite geht es denn genau? Ich vermute es ist http://www.dynamoberlin2002.de ?
Im Google-Cache ist ja im Moment keine Seite drin, die schon das neue Theme nutzt - wenn ich mit einer Google-IP (http://www.google.de/gwt/n), Google-Bot als UA und deaktiviertem JS die Seite besuche, sehe ich keine Spam-Links. Ich schätze also, dass das alte Theme gehackt war.
Ist das in red-train-1_0.zip alles, was zum Theme gehört, fehlt da nicht zum Beispiel ne single.php?