War auch nicht so gedacht.
Mein Verständnis der Sache ist, dass loop.php im Wesentlichen dazu da ist, um in Verbindung mit der Funktion get_template_part() ein zentral abgelegtes Loop an verschiedenen Orten aufzurufen, anstatt den Code an verschiedenen Orten einzeln zu hinterlegen; Stichworte sind etwa schlanker Code, weniger Fehlerquellen.
Interessant wird die Sache dann, wenn Du - beispielsweise in einem Child Theme - die Funktionalitäten erweiterst, indem Du spezifischee Loops für single, archive oder Deine Custom Post Types definierst. Hier kommt der zweite, optionale, Parameter der get_template_part() Funktion zum tragen: liegt im Child Theme Verzeichnis zB ein loop-home.php vor, so geniesst dieser den Vorzug vor dem der Parent Theme, aber auch vor dem loop.php des Parent Themes.
Weder der englische noch der deutsche Codex liefert bis heute eine "best practice" zu diesem in WP 3 eingeführten Feature, und auch bei Justin Tadlock habe ich nur einige kurze Hinweise bisher gefunden.
Hoffe, das hilft Dir weiter.