caroline5, der Ordner wp-includes enthält die Grundfunktionalität von WordPress und erzeugt z.B. aus den in der Datenbank abgelegten Inhalten die HTML-Datei, die der Webseitenbesucher sieht. Der Ordner wp-admin enthält alles, was zur Darstellung des Back Ends notwendig ist. Im root-Verzeichnis liegen außerdem noch ein paar Dateien mit der Konfiguration (wp-config.php) sowie zur Initialisierung von WordPress. All diese Dateien, Ordner und Unterordner sind für den Endanwender tabu – selbst, wenn du die Funktionalität ändern möchtest.
Der Ordner wp-content hingegen enthält deine eigenen Inhalte: installierte Themes und Plugins, aber auch Media-Uploads (Fotos, Video, MP3, pdf-Dateien, …).
Möchtest Du das Layout eines Themes an eigene Bedürfnisse anpassen, eignet sich ein Child Theme. Dazu hatte ich bei unserem letzten Meetup in Köln eine kurze Präsentation erstellt, die Du unter http://de.slideshare.net/pixolin/childthemes-2 findest. Vielleicht gibt es aber auch in Deiner Nähe ein Meetup, wo man dir Child Themes erklären kann?
Möchte man das Verhalten von WordPress ändern, erreicht man dies mit Plugins, die Schnittstellen der WordPress-Software (so genannte Hooks) nutzen.