Ich habe nun rausgefunden, dass es nichts mit dem Plugin "WooCommerce PDF Voucher" zu tun hat, sondern mit WooCommerce selbst.
Hier wird auf den Gutscheinwert im Warenkorb die Steuern noch dazu addiert.
Eigentlich sollte das Problem schon seit einem Jahr behoben worden sein.
Jemand ne Ahnung wie ich das selbst lösen kann?