Ich nehme jetzt einfach mal an, dass Du wesentlich mehr über Codierungen weißt als ich und deshalb weißt, was Du mit UTF-7 und UTF-16 anstellst. Wieso Du einen Grund hast, bei so einem Update die Codierung zu ändern (wenn Du immer noch die gleiche Datenbank verwendest), ist mir aber nicht klar. Egal, so oder so ist dann wohl Deine beste Chance, diese Einstellung direkt in der Datenbank wieder rückgängig zu machen. Da müsste ja jetzt wahlweise "UTF-7" oder "UTF-16" drinstehen, so dass es sich leicht finden lassen sollte.
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Du hast mich jetzt tatsächlich neugierig gemacht. Ich hab aus Spaß in meiner lokalen Version mal UTF-7 eingestellt, und danach treten tatsächlich die beschriebenen Probleme auf. In der DB-Tabelle wp_options müsstest Du mal die Option "blog_charset" raussuchen. Nimm diese Query, falls Du sie nicht findest:
Den Wert änderst Du einfach zurück zu "UTF-8" und alles geht wieder. Faszinierend. Irgendwie würde ich auch vermuten, dass das damit zusammenhängt, dass UTF-7 als Codierung dort keinerlei Sinn macht. Aber vielleicht sollte das auch gehen und es liegt an WordPress, keine Ahnung. ;-)
P.S.: Was die kaputten Umlaute betrifft, wenn dann erstmal alles wieder geht außer den Umlauten findet sich der Grund dafür sicher auch noch. Da müssten wir dann einfach mal schauen, was ausgegeben wird, welche Umlaute genau alle kaputt sind und wie die verschiedenen Encoding-Einstellungen aussehen. Manchmal ist das auch einfach nur ein Plugin, das rumspinnt, oder es ist doch irgendwo noch was nicht richtig eingestellt. Sollte sich dann aber rausfinden lassen.