Rootverzeichniss

Guten Morgen zusammen,
ich habe da mal eine Frage (bin noch Anfänger)
ich habe auf meinem Server meinen Shop liegen und habe dort vor ca. 1/2 jahr auch meinen Blog dort eingericht (wordpress 2.0.5.). da ich gelesen habe, das diese Version nicht weiter entwickelt wird, habe ich 2.2.2 neu installiert. Habe ein neues Themes eingefügt und nun passiert folgendes.
Das Headerbild im Blog wird nicht angezeigt. Ich stand vor einem Rätsel. Irgendwann in der Nacht, bin ich dann auf meinen Shop gegangen und mußte feststellen, der Shop bringt Fehlermeldungen bzg Header mit Blogheader.
Habe am nächsten Tag meinen Provider angerufen und der hat sich mal die Daten angeschaut und sagte mir, das sich die Ajaxdaten in das Rootverzeichnis eingeschrieben hätten und dadurch wären ein paar Daten die meinen Shop betreffen zerschossen. Habe also meine alten Sicherungsdaten für den Shop eingespielt und läuft dieser wieder.
Danach habe ich die alte Wordpressversion wieder aufgespielt, damit dieser wenigstens wieder läuft.
Kann mir jemand der erfahreneren Wordpressuser sagen, was ich da falsch mache?? Würde gerne 2.2.2 an laufen bekommen, ohne meinen Shop wieder zu zerschiessen. :(
Viele Grüße
Dieter

Habe ich noch nicht probiert - weil wollte erst Eure meinungen hören, bevor ich wieder alles zerschiesse.

Neulingfrage:
Verzeichniss sieht so aus

html
blog
shop
etc

wie müßte ich das anders lösen??