CSS und Java-Scripte zusammenfassen ohne PlugIn

Dazu müsste man die Funktionalität zum Zusammenführen von Dateien, wie sie in vielen Plugins enthalten ist, nachprogrammieren. Das ist nicht durch einen einfachen Eintrag in der functions.php getan (so wie man es für andere kleinere Aufgabenstellungen kennt) sondern eher durch Entwicklung mehrerer Funktionen und/oder Klassen die das übernehmen. Diese könnten dann in die functions.php eingetragen werden.

Nachteile:
Da man diese Funktionalität selbst entwickelt hat, muss man auch selbst für die Absicherung der Implementierung sorgen. Das setzt entsprechende Erfahrungen mit PHP voraus.
Man muss die Implementierung ggfs. selbst bei jedem Wordpress-Update prüfen und anpassen.

Beides ist lösbar wenn man ein Plugin verwendet - dann übernimmt das dessen Entwickler für dich.