moin,
ich bin mir ziemlich sicher, daß nicht dein server gehackt wurde. die einbrecher sind über deine login.php eingedrungen und haben dann aus deinem adminbereich heraus die änderungen gemacht. schütz deine login.php und du hast ruhe, habe ich vor einem jahr auch so gemacht und keinerlei probleme mehr.
hast du die login.php mal neu eingespielt und geschaut ob es dann wieder geht mit deinem adminbereich?