Die Funktion "Zusätzliches CSS" schreibt nichts in die [FONT=Courier New]style.css[/FONT] sondern speichert das in der Datenbank.
Was genau geht beim "Direktzugriff mit FTP" nicht? Das ist nichts anderes als "herunterladen, bearbeiten, hochladen".
Wenn Änderungen nicht sichtbar sind, kann es z.B. daran liegen, dass man ein Cache- oder Minify-Plugin verwendet, deaktiviere das mal. Oder dass man die falsche style.css beschreibt, die eines anderen Themes o.ä., oder dass der CSS-Code, den man schreibt, fehlerhaft oder unpassend ist, usw.
Wenn Du den CSS-Code postest, den Du einfügen willst, und dazu am besten einen Link zur Seite, wo er nicht angezeigt wird, dann würde das die Problemlösung vereinfachen.