Du musst die Scripte über einen Hook laden
Code
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'mmx_load_scripts', '99' );
function mmx_load_scripts() {
wp_enqueue_style( 'bootstrap', get_template_directory_uri() . '/css/bootstrap.min.css');
wp_enqueue_script( 'function', get_template_directory_uri() . '/js/function.js', array( 'jquery' ), '1.1', true);
}
Außerdem bewirkt der Parameter 'true' bei wp_enqueue_script, dass das Script in den Footer geladen wird.