Das Problem bei dem Plugin ist, daß es nicht das Wordpress-Shortcode-System nutzt, sondern ein eignes implementiert (warum auch immer).
Ein apply_filters( 'the_content',...) führt eben auch alle anderen Plugins und Funktionen aus, die sich in 'the_content' eingeklinkt haben. Das ist ja an der Stelle nicht sinnvoll bzw. erwünscht.
Das Plugin stellt aber die Funktion amazon_shortcode ähnlich wie die WP-Funktion do_shortcode bereit.
if( function_exists(amazon_shortcode) )
echo amazon_shortcode( get_post_meta($post->ID, 'coste', true) );
Allerdings sollte dann das Feld 'coste' nur die Parameter und nicht den kompletten Shortcode enthalten.
Gruß
Ingo