Welche Anleitung? Vermutlich weil die Anleitung vor Version 3.7 geschrieben wurde. dirname( __FILE__ ) liefert den Pfad zum Arbeitsverzeichnis für require und include-Anweisungen, also die Serverpfade und diese sind nicht mit einer URL bzw. Webadresse zu verwechseln. subdomain1.domain.de hat somit (nach meinem Kenntnisstand) nichts darin als Angabe verloren. Einfach ändern wird jedoch nichts bringen, da dann möglicherweise gar nichts mehr erreichbar ist.
Du könntest jetzt versuchen herauszufinden, wo da ein Denkfehler bei der Einrichtung und Zuweisung vorliegt. Ich schaue im Augenblick nicht ganz durch, doch wie sieht es mit den Einstellungen im Dashboard aus? Wurden da die jeweiligen WP-Adressen und Seiten-Adressen richtig eingefügt?
Wenn alles nichts bringt, dann solltest Du in allen drei Verzeichnissen erst einmal eine test.html ablegen, diese mit einer erkennbaren HTML-Ausgabe durchnummerieren und unter diese mit
subdomain1.domain.de/test.html
subdomain2.domain.de/test.html
subdomain3.domain.de/test.html
aufrufen. So siehst Du zumindest, ob wenigstens diese Seiten richtig erreichbar sind.