Theoretisch sollte man die Verzeichnisse mit einer rekursiven File-Funktion durchlaufen können, die dann nur die Dateien größer als anzeigt und sich auf Dateien mit ausgewählten Endungen eingrenzen lassen. Ob bei Image-Dateien dafür filesize bereits genügt oder ob es nur mit getimagesize möglich ist, habe ich bisher noch nicht probiert, möglich sollte es jedoch so oder so sein.
Alles was dann übrig bleibt, könntest Du mit unlink oder manuell behandelt werden. Ein Problem könnte entstehen, wenn das Memory Limit erreicht wird. Muss dazu schreiben, habe es bisher immer nur mit anderen Files verwendet, weiß aber, dass eigentlich alle Dateien erfasst werden, wenn keine Auswahl getroffen wird.
Du könntest Dir dazu die 'Rekursive Funktionen' auf dieser Seite ansehen und echo gegen ein if-Statement austauschen, welches nach Größe sortiert. Diese Datei dann nicht im Root, sondern im Verzeichnis /uploads ablegen und aufrufen.
http://www.html-world.de/program/php_6.php
Lässt sich aber nicht in 5 Minuten schreiben.