Hallo joss-wp,
die einzelnen Dateien im Theme sind von der Bezeichnung her fast selbsterklärend. Z.B. archives.php ist für die Archive zuständig, die footer.php für den Footer. Die Themedesigner geben dann für die andren Dateigruppen Ordner, wie z.B. /admin für die Einstellungen im Backend, /css für die Styles oder /js für die Javascript-Dateien.
Einen Überblick zur Funktion von WordPress findest du zudem hier -> http://codex.wordpress.org/Main_Page