Ich kenne dein Theme nicht, und auf deiner oben verlinkten Seite bei Funpic bekomme ich nur ein Directory Listing...
Der HTML-Code muss in die HTML-Templates. Vorzugsweise in ein Template, was in allen Seiten includiert wird, z.B. in die footer.php. So wird die Werbung auch erst angezeigt, wenn die Seite fast komplett geladen ist. An die richtige Stelle rückt sie ja durch die absolute Positionierung.
Selbiges gilt für die CSS-Dateien. Ich tippe mal auf die stylesheet.css (nicht style.css?), rtl.css steht üblicherweise für "right-to-left", also umgedrehte Schriftrichtung für Sprachen, die von rechts nach links gelesen werden.
Am besten machst du dir eine Sicherungskopie der Template-Dateien und bastelst dann ein wenig. Entweder du kommst so zum Ziel, oder du fängst einfach wieder von vorn an. 