Also, das automatische Update ist irgendwann abgebrochen. PHP-Scripte dürfen in der Regel 30 Sekunden laufen (siehe php.ini/phpinfo()). Danach ist Schluss. Da kannst du warten bis du schwarz wirst, es passiert nichts mehr. ;-) Und wenn das Update-Script abbricht, dann kommt es eben nicht mehr zu dem Punkt, wo die .maintenance-Datei gelöscht wird.
Die Frage ist: warum bricht das Script ab? Du kannst eventuell mal ins error.log schauen, ob da eine Meldung dazu steht. Abhängig von der Serverkonfiguration hast du aber leider keine Möglichkeit, das automatische Upgrade zu nutzen.