Das Script packst du in eine eigene Datei mit der Endung ".js".
Und diese registrierst du dann in der functions.php deines Themes (wie das geht findest du zu Hauf Tuts im Inet).
Mal was anderes: was hast du denn eigentlich wirklich vor?
Vielleicht gibt es ja dafür schon ein PlugIn -> dann müsstest du dich nämlich selber nicht so abmühen ;-)
Denn wenn ich deine zweite Anforderung lese (irgendwas von Contentverknüpfung) dann wird das alles noch ein gutes Stück schwerer. Und für jemaden der sich mit js nicht auskennt, kaum packbar.