Da musst Du in WP nichts anpassen! Wenn die Domains richtig gemappt werden, dann lässt sich WP ganz normal auf 2 Domains installieren. Das ist meiner Meinung nach auch der einzig richtige Weg. Mit Umleitungen/Weiterleitungen zu arbeiten mag zwar funktionieren, ist aber mit Sicherheit nicht der richtige Weg.
Vielleicht noch ein letztes Mal: Domain über Confixx den Verzeichnissen zuordnen, die vorab per FTP angelegt wurden (bspw. blog1 und blog2). Siehe Screenshot oben.
Dann lädst Du WP 2x (zweimal) auf den Server. 1x ins Verzeichnis blog1, 1x ins Verzeichnis blog2. Dann legst Du 2 Datenbanken an (wenn möglich). Datenbank 1 für WP1, Datenbank 2 für WP2.
Dann startest Du die erste Installation für Domain 1 (also die im Verzeichnis blog1 liegt). Hierfür gibst Du in der wp-config.php (im Verzeichnis blog1) die Daten aus Datenbank 1 an. Die Installation startest Du über http://www.domain1.de/wp-admin/install.php <-- domain1.de durch Deine Domain ersetzen
Das gleiche wiederholst Du für Domain 2. Hier verwendest Du in der wp-config.php (im Verzeichnis blog2) die Zugangsdaten der Datenbank 2. Die Installation startest Du über http://www.domain2.de/wp-admin/install.php <-- domain2.de durch Deine Domain ersetzen
Abschließend hast Du nun 2 separate Installationen, die sich 1x über http://www.domain1.de und 1x über http://www.domain2.de ansprechen lassen. Beide greifen auf unterschiedliche Datenbanken zu und sollten unterschiedliche Zugangsdaten haben.
Sorry, aber noch genauer kann man es Dir kaum erklären (falls ich etwas vergessen habe, möge man mich ergänzen). Wenn Du es nicht hinbekommst, dann kann das vielleicht jemand aus dem Forum für Dich übernehmen. Schreib dann einfach mal ins Forum Jobbörse.