Falls es noch jemanden interessiert:
Das Problem hatte etwas mit der PHP-Konfiguration beim Webhoster Hetzner zu tun. Dort sind standardmäßig diverese Beschleunigungs-Extensions eingeschaltet. Nachdem ich sie alle ausgeschaltet hatte, traten keine Fehler mehr auf.
Danke, das hat mir weitergeholfen.
Wenn man sich bei den Extensions auf den eAccelerator beschränkt sollte es keine Probleme geben. Ursache war wohl APC (PHP5).