Der Code für die header.php sieht etwa so aus
<script src="AC_RunActiveContent.js" type="text/javascript"></script>
</head>
<body>
<!--Im Film verwendete URLs-->
<a href="http://www.dein-Link.de"></a>
<!--Im Film verwendeter Text-->
<script type="text/javascript">
AC_FL_RunContent( 'codebase','http://fpdownload.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,0,0','width','XXX','height','XXX','id','Dein-Flash','align','middle','src','Dein-Flash','quality','high','bgcolor','#000000','name','Dein-Flash','allowscriptaccess','sameDomain','pluginspage','http://www.macromedia.com/go/getflashplayer','movie','Dein-Flash' ); //end AC code
</script><noscript><object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://fpdownload.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,0,0" width="XXX" height="XXX" id="Dein-Flash" align="middle">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="movie" value="Dein-Flash.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="bgcolor" value="#000000" />
<embed src="Dein-Flash.swf" quality="high" bgcolor="#000000" width="XXX" height="XXX" name="Dein-Flash" align="middle" allowScriptAccess="sameDomain" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
</object></noscript>
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Den Code musst du natürlich deiner swf-Datei anpassen.
Das head und body, ist nur damit du weißt wo welcher Code eingefügt werden muss.
Der Teil vom head also dahin wo das Flash angezeigt werden soll.
Die AC_RunActiveContent.js muss im gleichen Verzeichnis liegen.(oder Pfad anpassen)
Ach ja Flash ist ein Browserplugin und wird daher immer im Vordergrund geladen, also nicht hinter der Überschrift.