Lass die index.php da mal drin, ich weiß nicht genau wie das bei dir läuft.
Beiträge werden nicht in Dateien gespeichert. Der Inhalt eines Beitrages wird in der Datenbank gespeichert. Deswegen ist es auch immer wichtig ein Backup der Datenbank zu haben. Diese Daten aus der Datenbank werden dann mithilfe der Dateien im Theme angezeigt. Bei Beiträgen können das verschiedene Dateien sein. Je nachdem wie viele Formatvorlagen man hat sind das mal mehr und mal weniger Dateien. Aber alle haben das Wort content im Dateinamen.
Eine Seite setzt sich aus mehreren Dateien zusammen. Oben schreibst du, du hast Malware in der header.php gehabt, das ist eine der Dateien aus denen sich deine Seite zusammensetzt. Dann kommt noch eine Seite wie z.B. die content.php dazu und für den Seitenabschluss die footer.php.
Am besten du schaust alle Dateien in deinem Theme Ordner mal durch ob du was verdächtiges entdecken kannst.
VG
Philip