Mojn,
so wie die Seite derzeit aussieht würde ich vermuten das das Autoupdate wegen eines aktiven Plugins, oder anderer Umstände, daneben gegangen ist.
Du könntest versuchen das Update nochmals per Hand durchzuführen, eventuell behebt sich das Problem dann dadurch.
Einfach ein frisches WP Paket hier herunterladen, auf der Platte entpacken und die Dateien per FTP Programm nochmals auf deinen Webspace übertragen und überschreiben lassen.
Zitat... und auch die Änderungen am Theme ...
Arbeitest du mit einem Childtheme? Falls nicht sind die Änderungen nicht mehr vorhanden, da geänderte Dateien bei Updates durch die Originaldateien ersetzt werden.