In deiner CSS steht bei input und textarea folgendens: -webkit-appearance: none;
Das bedeutet, dass keine Standard-Styles des Browsers verwendet werden und du die Checkbox komplett selbst stylen müsstest, daher auch nur der kleine Punkt davor.
Schreib einfach folgendes in dein Child-Theme oder ein Custom-CSS-Plugin:
Damit sagst du Chrome, dass er diese Input-Felder wie Checkboxen stylen soll.