Ich nutze ebenfalls MainWP auf einem separaten Server, der niemals ein Kundenserver ist. Früher war es InfiniteWP, aber warum ich umgestellt habe, weiß ich nicht mehr.
Backups laufen bei mir über Akeeba-Backup bzw. ähnliche Scripte, die per Cron gesteuert werden. Damit sichere ich nicht nur Wordpress sondern auch andere Projekte. Nur wenige Kunden wollen unbedingt UpdraftPlus oder BackWPup etc.
Für die Uptime nutze ich ebenfalls ein externes Script auf einem separaten Server. Als eine freie Variante könntest du dir mal http://www.phpservermonitor.org/ ansehen.
MainWP, Backup und Uptime sind somit immer losgelöst von den Kundenprojekten, egal ob bei uns gehostet oder extern.