Ok, aber warum möchtest Du unbedingt eine eigene Fehlerseite und nicht die von WordPress?
Offenbar funktioniert die Parallel-Lösung bei Dir sowieso nicht. (Dass bei Entfernen der WP-htaccess-Inhalte nix mehr kommt liegt an der von Dir eingestellten Permalink-Struktur.) Du kommst also eh nicht umhin, die Fehlerbehandlung von WordPress zu benutzen.
Alles was Du machen musst, ist die Datei 404.php aus dem aktuellen Theme an Deine Bedürfnisse anzupassen. Und wenn Du unbedingt Deine 404.html da sehen willst, dann löschst Du eben alles aus der 404.php und fügst die Inhalte der 404.html da ein.
P.S. die Zeile
RewriteRule . /index.php [L]
hat damit nix zu tun; die gibt nur vor, dass auf die index.php umgeleitet werden soll, wenn kein Dateiname (d.h. nur das Verzeichis) angegeben ist.