du kannst in dem Theme doch sämtliche Änderungen vornehmen, die du magst (neue Funktionen hinzufügen, deprecated Funktionen löschen etc.).
Wenn eh keine Updates mehr kommen, macht das ja überhaupt keine Probleme. Und zur Not benennst du das Theme um, sodass garantiert keine Updates mehr kommen.
Oder willst du das Theme übernehmen und die Änderungen der Öffentlichkeit über das Repository anbieten?