das ist per ferndiagnose kaum lösbar. bis da alle möglichkeiten / infos beisammen sind, würden tage vergehen, für sachen die man mit serverzugriff in minuten abhaken könnte.
wende dich an jemanden, der technisch fit ist / sich mit wp auskennt und gewähre im zugriff auf deinen ftp, server, etc.
mehr als dass irgendwie / irgendwo ein problem mit dem rewriting, bzw. den permalinks besteht kann man ja so nicht sehen.
woran es liegt müsste man per ausschluss nach und nach ermitteln.