Das gehört in die sidebar.php -- dort willst Du es doch stehen haben, oder?!
Was Widgets betrifft: Der Sinn der Widgets ist es gerade, eben nicht im PHP rumwerkeln zu müssen, im Unterschied zur vorher üblichen Arbeit mit der sidebar.php. Wenn Dein Theme natürlich irgendwie verquer programmiert ist, muss man die Widget-Ausgabe ggf. mit zehn, fünfzehn Zeilen PHP in der functions.php anpassen (z.B. divs statt ul verwenden oder so). Optisch muss man die Widgets ggf. ans Design anpassen bzw. das Stylesheet halt so schreiben, dass Widgets vernünftig formatiert werden. Und ja, es sollte so rum passieren: Nicht den Code der Widgets anpassen, damit er zu den vorgefertigten Styles passt, sondern anders herum.
Auf lange Sicht wirst Du mit Widgets glücklicher, da bleibe ich bei.
Jedenfalls wenn Du hin und wieder mal was neues in die Sidebar oder andere Widget-Bereiche packen willst. Und die Anpassung des Themes kann so dramatisch eigentlich nicht sein.