Ich habe jetzt rausgefunden, wieso manchmal die Optionen des Plugins sich einfach nicht auswirken. Ich denke, es ist ein Bug und habe es dem Plugin-Autor entsprechend gemeldet. Der Fall tritt IMHO auf, sobald man wenigstens eine Option an der st_the_tags-Funktion definiert hat. Für alle anderen Optionen werden dann die default-Werte benutzt (Wer mag kann sich die Gründe im File simple-tags.php in der Funktion extendedTagCloud() anschauen).
Man muss also entweder st_the_tag_cloud() ganz ohne Parameter aufrufen oder alle benötigten Paremter dort angeben. Mit einem Aufruf von z.B. st_the_tag_cloud('color=false') bekommt für alle nicht als Funktionsargumente angegebenen Optionen die Default-Werte statt der gespeicherten Werte.
Mit etwas Glück behebt der Autor das in der nächsten Version. Wer sich mit PHP auskennt, kann es auch selber umschreiben. Am einfachsten ist es aber sicher, einfach beim Aufruf der Funktion alles benötigte zu setzen (wegen des color-Parameters geht es bei mir jedenfalls nicht ganz ohne).
Inwiefern das dann mit den Widgets zusammenspielt, weiß ich auch nicht. Falls die Widget-Funktion intern extendedTagCloud() mit Argumenten aufruft, passiert dort natürlich das gleiche, nur dass man da nicht viel dran machen kann. Da weiß ich aber leider zu wenig über Widgets, um da genaueres sagen zu können.