An Deiner Stelle würde ich erstmal das Problem etwas einkreisen. Werden dort tatsächlich em-Tags im Quelltext des Beitrags zu strong-Tags geändert? Wenn ja, ist die Frage woran es liegt. Oder werden die em-Tags nur auf der Seite anders formatiert angezeigt als im Editor?!
Ich glaube eigentlich nicht, dass es das Theme ist, aber ausgeschlossen ist es natürlich nicht (wenn z.B. ein Filter in der functions.php definiert wäre). das kannst Du ganz simpel testen indem Du mal kurz auf das Standard-Theme stellst und einen entsprechenden Artikel speicherst. Ansonsten würde ich aber eher nach Plugins schauen, die den Inhalt modifizieren.