Also ich würde bei einem neuen Theme immer auf Widgets setzen, da Du damit einfach flexibler bist. Es macht sich nun mal besser, die Einstellungen eines Widgets im Backend anzupassen als die sidebar.php zu bearbeiten und neu auf den Server zu laden.
Viele aktuelle Plugins bringen zudem fertige Widgets mit, auch das geht einfacher als die Funktionen rauszusuchen und in die sidebar.php zu schreiben. Und für alle speziellen Belange kannst Du relativ simpel eigene Widgets in der functions.php ablegen.
Was Sicherheit betrifft, sollte das auch egal sein. Und Performance: Vermutlich wird die manuelle sidebar.php schon schneller sein, aber der Unterschied sollte eigentlich eher nicht spürbar sein für den Benutzer. Und wenn Du richtig hohe Zugriffszahlen hast, musst Du Dir eh Gedanken über bessere Hardware und Caching machen.
Zitat
Da bin ich nicht ganz sicher, was Du meinst, aber kann es sein, dass das ein Verständnisproblem ist? Schilder uns ggf. doch mal genauer, was Dich stört. Generell solltest Du eigentlich den von WP generierten Quellcode schon so ziemlich anpassen können. Viele Methoden haben z.B. Parameter wie "before" und "after", mit denen man regeln kann, in welche HTML-Tags der Output eingeschlossen wird, wenn einem der Standard nicht gefällt. Bei Widgets kannst Du analog regeln, in was sie eingeschlossen werden sollen.