Manche FTP-Programme zeigen versteckte Dateien nicht an, stelle also sicher, dass das nicht bloß nicht angezeigt wird. Und ja, die Datei liegt auf der Ebene, auf der auch die oberste index.php liegt.
Wenn sie fehlt, klappen natürlich die Permalinks nicht. Speichere mal die Permalink-Struktur neu ab und schaue, was WP Dir sagt. Wenn WP die Datei nicht schreiben kann (wegen Dateirechten) kommt eine entsprechende Meldung. Dann musst Du sie ggf. manuell anlegen und den Inhalt reinkopieren.
WP updaten: Ich weiß, gerade so große Versionssprünge sind nicht einfach. Dann muss man sich neue Plugins suchen, weil alte nicht mehr gehen etc. Es lohnt aber auf lange Sicht, WP hat sich seit 2.5 enorm weiterentwickelt und ist nun wirklich schöner zu benutzen. Aber wie gesagt, nicht am lebenden Objekt sondern an einer lokalen Kopie probieren! Ich werde dazu wenn Zeit ist auch mal ein paar Anleitungen in meinem Blog posten und dann hier verlinken.
Update Apr 2012: So, ich habe mal eine Anleitung geschrieben, wie man sich relativ komfortabel eine lokale Installation seiner Webseite einrichtet.