Zwei Blogs mit WP auf einem FTP-Server hochladen

Hallo zusammen,
ich habe ein Problem und hoffe, dass Ihr mir weiterhelfen könnt.
Und zwar habe ich bei hosting-agency zwei Domains gekauft, aber nur ein Webpaket, dh ich habe drei Datenbanken und einen FTP-Zugang. Ich möchte die beiden Domains mit WP erstellen. Die erste Domain läuft bereits; Für die zweite Domain (andere Datenbank) müsste ich die gleichen WP-Dateien (nur anderer Inhalt) auf dem FTP-Server hochladen. Da sie aber gleich heißen zB index.php würde der FTP-Server sie überschreiben und dann wäre meine alte Site down, oder nicht?
Die Dateien liegen alle unter /public_html (das ist vom Hoster so eingerichtet). direkt in dieses Verzeichnis habe ich die WP-Dateien hochgeladen. Würde ich jetzt einen neuen Unterordner für die zweite Domain machen, würde man diesen Unterordner noch im Pfadnamen sehen zb http://www.meinedomain.de/pfad2 oder nicht? Und das möchte ich nicht! :-)
Ich bin gerade dabei mich in alles einzulesen und mir den ganzen Kram selbst anzueignen und da stoße ich an meine Grenzen! Es wäre super, wenn mir jemand helfen kann! Die Website soll nämlich ein Weihnachtsgeschenk sein!8-)
Vielen DAnk!
Sarah