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Hm, ich dachte erst, es läge irgendwie an den Permalinks, aber es gehen auch die normalen Links nicht (z.B. ?p=1). Da ist also irgendwas richtig falsch. Mal ein paar Ideen:

- probehalber mal auf das Standardtheme umschalten und schauen ob es dann geht
- Falls Du Plugins nutzt, die Redirects machen oder mit Permalinks etwas anstellen, die mal der Reihe nach deaktivieren und schauen.
- Die Permalinks in den Optionen neu abspeichern.
- den Inhalt Deiner .htaccess posten

Tja... Ganz unten an Deiner Seite hängt auf jeden Fall ein JavaScript. Weißt Du, was das tut und wo es herkommt? Ich werde jetzt so auf Anhieb nicht schlau draus, würde aber vermuten, dass es vielleicht das ist, was Dein AV-Programm anmeckert. Meines schweigt dazu, kann ich also nicht sagen, ob es wirklich ein Virus ist.

P.S.: Hab den Quellcode Deiner Startseite mal bei http://www.virustotal.com hochgeladen. Der prüft das mit einigen Dutzend AV-Programmen. Von denen haben 7 was erkannt (JS:Illredir-I, JS.Redirector.6, JS/SillyDlScript.HBZ, Trojan-Downloader.JS.Pegel.f, Troj/JSRedir-AR, Trojan.JS.Redirector.bg (v)). Ich bin nicht sicher, ob dieses Script wirklich etwas Schlimmes tut, aber wenn Du nicht zweifelsfrei weißt, wo es herkommt und was es macht, heißt seine Anwesenheit ja schon, dass Deine Seite vermutlich gehackt wurde. :-/

Hm, mal so ganz grob, ohne genau zu wissen was das für ein Teil ist und wo es steckt:
- Passwörter ändern, und zwar alle (FTP-Passwort, WP-Admin-PW, DB-PW)
- WP auf Maintenance Mode schalten (per Plugin)
- Die Ordner wp-admin und wp-includes nicht nur überschreiben, sondern wirklich löschen und per FTP neu hochladen. Das gleiche für alle Dateien im WP-Hauptverzeichnis (.htaccess und wp-config.php behalten, aber mal reinschauen, dass da kein Mist drinsteht)
- Für alle Themes: Wenn Du am Theme nichts modifiziert hattest, löschen und neu hochladen. Wenn Du etwas modifiziert hattest, musst Du das Theme zumindest überprüfen. Da hilft Dir eventuell das WP-AntiVir-Plugin weiter, das scannt das aktive Theme nach genau solchen Sachen.
- Für alle Plugins: Das gleiche, wenn unmodifiziert, dann Ordner löschen und jeweils neu hochladen. Ansonsten genau kontrollieren.
- Alle Upload-Ordner durchschauen, ob da verdächtige Sachen drinliegen.

So, dann kann es natürlich auch in der Datenbank stehen. Das merkst Du dann, falls es an alten Einträgen nach diesen Schritten immer noch unten dranhängt.

Und dann vielleicht mal mit den Webmaster-Tools von Google schauen, was Google dazu meint. So oder so die XML-Sitemap neu generieren und bei Google neu einreichen.

Ja, das ist alles ok. Da könnte es auch eher nicht herkommen, denke ich, das muss schon in einem PHP- oder JS-File stehen, um sich unten an die Seiten dranzuhängen. Hast Du mal das AntiVir-Plugin auspobiert?

Bist Du sicher, dass das Theme jetzt sauber ist? Hast Du das frisch hochgeladen? Ansonsten schalte mal probeweise aufs Default-Theme um -- kommt das dann auch am Ende der Seite? Falls ja, steckt es wohl in der DB, wenn Du alle Plugins und WP selber soweit gesäubert hast (siehe oben).

Ach ja: Du nutzt nicht ein Caching-Plugin wie WP Super Cache, oder?

Falls es in der DB steckt: Tja, sehr genaue Anweisungen kann ich Dir da auch nicht geben. Das muss halt da raus. Wenn Du magst kannst Du mir einen Dump Deiner DB per E-Mail schicken und ich schaue mal rein, ob ich was finde. (gezippt, Mail-Adresse siehe Kontaktseite meines Blogs) Vor allen Aktionen an der DB auf jeden Fall ein Backup ziehen!

P.S.: Wobei ich jetzt zumindest auf Deiner Seite nichts mehr sehe am Ende des Quellcodes. Sagt das AV-Programm denn noch was?!