Ich weiß gar nicht wo dein Problem aktuell ist ;)
Irgendwie unübersichtlich der Thread. Ein Versuch:
HTML
<link rel="stylesheet" href="<?php bloginfo('stylesheet_url'); ?>" type="text/css" media="screen" />
<!--[if IE]>
<link rel="stylesheet" href="http://deine.domain.de/pfad/zur/css.css" type="text/css" media="screen" />
<![endif]-->
Probier mal und poste hier die URL zum nachschauen.