Jetzt werden die Schriftarten aus dem Ordner [FONT=Courier New]wp-content/uploads/fonts/[/FONT] eingebunden und sollten daher von Theme Updates unabhängig dort erhalten bleiben.
Da die Schriftart jetzt aus WordPress Sicht eine technisch ganz andere ist als vorher, musst Du die Einstellungen dafür wohl nochmal machen. Warum die Layoutbreite anders ist, kann ich nicht sagen.
Wenn Du wie oben geschrieben "nicht täglich Deine Seite kontrollieren" willst, solltest Du wohl alle automatischen Updates abschalten und dann regelmässig selbst manuell Plugins, Theme, WordPress einzeln nacheinander aktualisieren mit jeweiliger direkter Prüfung der gesamten Seite auf unerwünschte Veränderungen.