Nein, meine Frage war eine andere: ...it is not intended for use by plugins or themes... Daher die Frage: Wo kann es denn dann genutzt werden, wenn nicht in Plugins oder Themes?
Hier meine (nicht fundierte oder belegte) Vermutung:
Das Wordpress-Entwickler-Team legt schon immer sehr viel Wert auf Abwärtskompatibilität. Das ist insofern schön, als das in aller Regel auch alte Themen und Plugins noch funktionieren. Aber es hat den Nachteil, dass wir seit Jahren an vielen Stellen alten "Ballast" mitschleppen.
Früher gab es tatsächlich auch häufig Lösungsansätze mit query_posts, heute eher mit get_posts, WP_Query oder pre_get_posts. Wahrscheinlich ist query_posts eine dieser Funktionen, die aus Gründen der Abwärtskompatibilität noch da ist, aber nicht mehr verwendet werden sollte.
Ich würde sagen: Wenn die Doku sagt, man soll es nicht benutzen, sollte man es in jedem Fall lieber lassen. Zumal es ja bessere Alternativen gibt.