Ausser "silence is golden" index.php sind da in der Regel keine, eine Prüfung sollte also sehr schnell gehen, daher die Frage.
Bei Themes und Plugins sollte man übrigens am Rande bemerkt nicht alleine dem WordPress Backend trauen, durch die netten "all_themes" und "all_plugins" Filter sieht man da nicht immer zwingend alles, was tatsächlich vorhanden und ggf. auch aktiv ist.
@danielgoehr Fitzkogerd beschreibt übrigens "In der Folge kommt es dann zu neuen Dateien in wp_admin" (konträr zu Deinem Punkt 1. oben) und hat offenbar einen Trigger via wp-cron erkannt, das scheint dann ggf. eine andere Variante zu sein als bei Dir. Mal die Cron-Aufrufe geprüft, mit "WP Crontrol" o.ä.?