PDF-Archiv mit tausenden PDF-Dateien, wie kann ich die bestmöglich einpflegen ...

Hier ein Ansatz, wie man das am Beispiel von Bildern per Code lösen kann: http://wordpress.stackexchange.com/a/109994

Für jedes Bild in einem Ordner auf dem Server wird ein WordPress-Beitrag erstellt (post_type="post") und dann die Bilddatei mit Bezug zum Beitrag in die Mediathek integriert.

Die Frage ist doch, was ihr genau möchtet.
Wenn ihr beim Erstellen den PDF Files eindeutige Namen gebt, dann könnte es durchaus genügen wie unter Windows einfach einen Ordner zu haben und man kann darin suchen.
Sollte das aber nicht geschehen oder ihr etwas aufwändigeres wollen, wäre es vermutlich sinnvoll die PDFs mit einer Beschreibung aufzulisten.

Das man einfach nur einen Ordner hat worin dann alle PDFs gelistet werden, das denke ich sollte auch mit WP gehen, auch wenn das etwas überqualifiziert für diese Aufgabe wäre. Wenn man dann wirklich nur eine Seite möchte wo diese PDFs erscheinen, würde ich das ganze altmodisch in html selber schreiben. Anleitungen dazu gibt es im Netz zu Hauf.

Allerdings würde ich etwas mehr Arbeit investieren und jedes Online gestellte PDF genauer erläutern. Kostet zwar mehr Zeit, dafür ist man am Ende auch glücklicher weil man eher findet was man sucht.