Ich hatte das Problem auch bei meinem letzten Servercrash, nachdem ich in meine Wordpressinstallationen dann die frischen Backups einspielen wollte, kamen ebenfalls überall die \r\n bei mir vor.
Das lag in meinem Fall daran, dass er mir beim Backup die Zeilenumbrüche mit einem zusätzlichen \ versehen hat und diese dann nicht mehr richtig interpretiert werden konnten. Ich habe dann kurzerhand in meinen Dumps alle \\r und \\n per suchen/ersetzen in \r und \n ändern lassen und das Problem war nach einem neuen Import behoben.
Da dort nicht generell beide Versionen \r und \n vorhanden sind, würde ich empfehlen die Zeilenumbrüche einzeln ersetzen zu lassen, d.h. erst die \\r in \r dann die \\n in \n, so geht man sicher alle Vorkommnisse erwischt zu haben.