Beim Hochladen von WP per FTP kommt Hinweis auf schon vorhandene Dateien

Hallo,
ich habe gerade WP 4.2.2 mit Filezilla in den betreff. Ordner hochgeladen, alle WP-Verzeichnisse und Dateien auf ein Mal. Auf der linken Seite in Filezilla alle ausgewählt und dann "Hochladen".

Das dauert ein paar Minuten, doch während des Prozesses kam ein Mal die Frage, ob eine schon vorhandene Datei (irgendein webfont von Twentyfourteen) überschrieben werden soll, weil er schon vorhanden sei!?

Nachdem alles hochgeladen war, habe ich alles gelöscht und nochmal neu hochgeladen. Dieses Mal kam zwei Mal während der Übertragung die Frage, ob eine schon vorhandene Datei überschrieben werden soll, es waren aber andere Sachen, irgendwas mir smileys und icons.

Ich habe das Überschreiben immer bejaht, bin aber etwas verwirrt, weil ich beim Hochladen von WP in ein leeres Verzeichnis noch nie mit "bereits vorhandenen Dateien" konfrontiert war.

Kennt das jemand und ist das Überschreiben richtig gewesen?

Es ist eine ganz neue WP-Installation und ich habe jetzt bislang nicht weitergemacht, also mit der eigentlichen WP-Installation per Browser (Zugangsdaten der DB usw....).

Offenbar findet Filezilla die gleiche Datei, weil sie Sekunden vorher schon mal hochgeladen wurde (ins exakt gleiche Verzeichnis oder anderes?).